Para realizar una ecografía vaginal se introduce una sonda (a veces recubierta por un condón) por la vagina hasta llegar al cuello del útero, desde donde emitirá los ultrasonidos que rebotan en el saco amniótico en el que se encuentra el bebé. Esta técnica no perjudica en absoluto el embarazo, ni siquiera cuando existe amenaza de aborto, ya que la sonda se queda en la vagina y no atraviesa el cuello del útero.
En el primer trimestre se utilizan ecografías vaginales en las etapas más precoces del embarazo, cuando el embrión no es visible para un buen estudio a través del abdomen (posible amenaza de aborto, fecundación in vitro, gestación múltiple…).
También se emplea en la semana 12 de embarazo, cuando la mujer transmite mal los ultrasonidos (por ejemplo, porque es muy obesa), cuando se detectan malformaciones precoces o si en la ecografía rutinaria aparecen marcadores de cromosomopatías, como el pliegue nucal.
Durante el tercer trimestre se recurre a una ecografía vaginal para comprobar ciertas malformaciones, estudiar la placenta previa y valorar el cuello uterino.